水族是我国多民族大家庭中的一员。关于水族的来源问题，学术界比较一致的看法是：水族是由古代南方“百越”族群中“骆越”的一支发展而成的单一民族。
    秦汉以前，岭南一带居住着“骆越”、“西瓯越”、“南越”等许多部落，他们与东南沿海的其他诸越部落，统称为“百越”。从历史发展的迹象以及文化生活特点、语言等方面考察，水族是由“骆越”的一支发展起来的。水族民间传说，他们的祖先原先居住在邕江流域的“岜虽山”一带，而邕江流域正是古代“骆越”活动的地区。据史料记载，公元前221年，秦始皇统一六国之后，发兵50万进军岭南，遭到西瓯、骆越等部落的顽强抵抗，直到公元前214年才统一岭南，并置南海、桂林、象三郡，设官治理。受战乱的影响，水族先民被迫沿龙江溯流而上，经今广西河池、南丹等地向北迁徙，移居黔桂边境，从此开始从骆越的母体中分离出来，逐渐向单一民族发展。从今天水族的宗教活动和生活习俗中，仍然可以找到许多这种迁徙的迹象。如鬼师的“祭谷魂”咒语中，便提到是祖公随河上来时，从海边带来了谷种；按照丧葬习俗，水族在老人过世后，其尸骨在入土之前，与死者有父系血缘关系的亲族须忌荤吃素，但鱼虾等水产不忌，并以鱼作为向死者敬供的必需祭品，在盛大节日(如端节)的祭祀与宴客时，鱼也是必不可少的供品与菜肴，这是水
族古代先民在海滨和河边过着渔猎经济生活的一种遗俗；老人过世时，“鬼师”要为其做一只纸船，内置死者灵位，然后焚烧，恭送死者灵魂回归祖先的发祥之地，这一习俗表明，水族祖先的原先居住地在江河湖海地区，船是人们主要的交通工具。
    在语言方面，水语保持了“百越”语言的大量入声字音和短促调，其词汇中保留了许多南方动物诸如“大象”(水语读t跳酽)等的语音，水语对于鱼虾类以及渔业生产中诸如船、网、鱼又、鱼笼等工具，都有众多的词汇。在水族的神话传说和民间歌谣中，也有其祖先在广东、广西生活状况的大量传说。如：“古父老，住在西雅，发洪水，四处散开。在
广东，做不成吃，在广西，积不起钱，哥随红水上去，弟顺清水下来，中问公，渡过彼岸，到贵州，养育后代。”另外，从今天水族以稻作农业为主，居住“干栏”式房屋，酷爱铜鼓，具有悠久的鱼文化等现象来看，均表明其祖先在历史上与“百越”族群的渊源关系。
    汉至魏晋，虽然中原战乱频繁，但水族先民所居的黔桂边境，社会秩序却相对稳定，使其社会经济得到一定的持续发展。隋唐之际，水族地区的社会经济取得了长足的进步。在共同地域、共同语言的前提下，其共同的经济生活和心理文化素质已逐渐形成，于是，水族作为单一民族也正式形成。为此唐开元年中，设置了以安抚水家人为主体的抚水州。
    明朝洪武年间以后，由于“调北征南”和“调北填南”使江南大量汉族居民迁入水族地区，他们与当地少数民族长期共处和通婚，后来有一部分后裔融入水族。